面对大明官军的强势，佛郎机驻吕宋的水师也还以颜色，但是由于官军的船只和火炮都远远多于佛郎机，同时这些船只被官军堵在港口之内，射界不佳，俞咨皋、邓子龙用小船满载引火物以火船撞击这些佛郎机船只，试图使用火攻，官军将佛郎机人堵死在城堡中。

然后派出小船和士卒上岸，搜寻大明百姓，很快就找到了当地的华侨，从当地华侨口中，俞咨皋、邓子龙得知了吕宋岛上的惨状，原本吕宋岛上有华侨三万余人，在岛上开垦土地，从事工商贸易，大到富商巨贾，小到走街串巷的游商，大多都是大明百姓。

虽然朝廷在南洋的军事实力逐渐增加，佛郎机人担心吕宋岛上这些华侨日后为大明所用，同时这些佛郎机人垂涎于华侨的财富，故而和当地的土着联合起来屠杀华侨，佛郎机驻吕宋的总督命令佛郎机军队头目丧心病狂地命令士兵“不要放过任何人，遇到即杀”，“在路上、在别处，都毫不迟疑地遇到即杀，尽量多多地砍杀”。

还有这些当地的土着也参与进来，趁火打劫，抢掠、屠杀华侨。

得知此事的俞咨皋和邓子龙大怒，一面安排船只将这些百姓送往缅甸，一面将吕宋岛上所发生的事情奏闻中南总督殷正茂，请殷正茂代奏朱载坖，同时调遣官军上吕宋岛。

除此之外，俞咨皋指挥官军水师中抽调部分水手，在水师火力支援下将佛郎机的马尼拉要塞予以包围，水师的重炮轮番炮击马尼拉要塞，不准接受佛郎机人的投降，同时派遣船只去寻找逃散到吕宋岛上各处的华侨，尽可能多的营救这些华侨，路上遇到的土着，一概杀之，这些人也是帮凶。

佛郎机总督向俞咨皋请求谈判，被俞咨皋断然拒绝，这会想起来谈判了，你早干什么去了？俞咨皋要求佛郎机人先将杀害大明华侨的凶手交出再说，否则的话，大明和佛郎机没有什么可谈的。

同时，朱载坖给佛郎机国王的诏书也通过尼德兰人送往欧洲去了，朱载坖的诏书措辞极为严厉，在诏书中说道：“大明世守疆土，不欲言兵。然尔国侵我属国，杀我良民，何可胜言？其或听信奸徒煽惑执吝，贪保昏迷，不共恃远．抗拒不听，资还当断绝海舶，不得西行。仍听诸吏兵同其家．愿报仇者，一风张帆千艘并出，乡音难辨．玉石俱焚。或复听各贡市诸国二百年忠顺者．许其部落驱兵合剿，即以吕宋赐为市舶。提举有司再请天讨，则如播州之白骨在望也。”