同时还要增加青海的百姓人数，加强朝廷对于青海的直接管理，定沿边藏族赋税额。甘州、凉州、庄浪、河州、西宁、松潘、打箭炉、里塘、巴塘 、中甸等地藏族原向寺院缴纳赋税，所受剥削十分沉重，将沿边藏族改归附近道厅管辖，其户数造册送部存案，由官府收取赋税。其应纳粮草，则照 从前纳于西海，纳于喇嘛者少减其数，以示圣朝宽大之恩。

青海兵多民少，难以就地取给，要增加青海的百姓数量，将直隶、山东、山西、河南、陕西五省军流人犯发遣青海，由地方官拨给地亩 、籽种、耕牛，开垦屯种。三年后按例收取粮草，土地即为永业，用以加强朝廷对青海的控制。

同时对于青海的行政区划问题，要由青海、四川、云南等沿边省份共同确定，朱载坖命令李成梁继续南下，肃清青海南部的反抗势力，同时朝廷要派遣钦差，实地考察之后确定省界，以近川归川，近滇归滇为原则，保障朝廷对于青海的控制，在召索南加措活佛到京师来，共商治理青海之策。

对于青海的事情基本上就是如此处理，除了青海的战事之外，就是南洋的战事了，现在俞咨皋已经夺取了马尼拉，同时从马尼拉的府库之中，缴获了金银四百余万两，这下大明的军费算是有人报销了，接下来应该怎么处理此事，是一个问题。

朱载坖认为，先将缴获的银子转运到广州、上海两铸币厂，将其中的白银铸成银钱，黄金交解内承运库储存，同时从内承运库发银钱三十万，犒赏参战将士，对于佛郎机，大明仍要保持高压态势，以逼迫其和大明谈判，朱载坖认为，继续封锁南洋，不让佛郎机船只将南洋的香料运回国内，同时对于佛郎机的据点也要予以封锁。

但是大明并不准备将战事扩大化，大明的目的是逼迫佛郎机和大明谈判，朱载坖决定任命工部尚书严世蕃加南京户部尚书衔，为钦差正使，少府卿兼北洋通商大臣王直加南京户部左侍郎衔，为钦差副使，赴广州准备和佛郎机谈判，大明的筹码就是马尼拉港口和大明说擒获的佛郎机船只、人员。

至于大明的条件，朱载坖认为主要有几条，第一，满剌加和吕宋必须复国，这两国都是大明的属国，兴灭继绝，是大明作为宗主的责任，既然满剌加和吕宋的王室向大明请求出兵，大明就要履行宗主义务，帮助他们复国，这是毋庸置疑的。

第二，就是要赔偿大明损失，大明因为佛郎机的不恭顺，出动大军，恭行天讨，不仅耗费钱粮，还因此影响了大明的海关关税，这些损失，都应该由佛郎机人承担，要想终结战事，佛郎机人就必须向大明赔偿，朱载坖认为，不能少于八百万两白银，否则就是赔本的买卖了。