县衙中的承发房、架阁库也设有吏。此外县中的儒学、巡检司、税课局、递运所、水马驿、河泊所、仓库、闸坝等机构均设有吏。

在县级机构中设置的吏的名目有司吏、典吏、承发、驿吏、攒典等。看似吏员的数量远远多于官员，但是实际上对于很多县衙来说，吏员的数量是远远不够的，这是因为朝廷在之前有过明确的旨意：正统元年奏准，天下裁减衙门，每房止存司吏一名，典吏二名。

而实际上，最大的县也不会有超过30名经制吏。分摊到全国一千多个县，则每县平均设吏十余名，与制度规定大致相符。但是偌大一个县，仅仅依靠数名官员的十数名最多不过三十名的经制吏员，显然是无法管理的，所以地方衙门大量招募所谓的书算手，来协助官府处理政务，而这些被雇佣而来的书算往往鱼龙混杂。

左都御史海瑞是有着丰富的地方州县经验的，他就痛陈书算之弊道：“所在守土等官辄便奏开生员、吏典人等纳粮草、纳银两等项事例，遂为长策一切小民，不分能书与不能书，不分市民与农民，一概听缺充吏，不惟官司不得伊书办文案，且有违旧例。更其三考役满，又免考验，一概照依资格出身，所以多不称职。”

乡里间的书手负责编制册籍，会计都图、里甲钱粮，作弊更无忌惮。东阁大学士申时行也对此深有体会，他在给朱载坖的奏疏中称：“大率钱粮之事，最为难明，惟老书宿猾，深知弊源来历。”

这些书算手往往和吏员们一道，把持县政，架空官员，因为他们本身就不在大明的官僚体系之中，所以做起事来就更加的肆无忌惮，丧心病狂了，朱载坖这次就要解决这个问题，用朝廷的经制吏员取代这些书算手。

朱载坖命令朝廷会同吏部及地方相关衙门，根据所在地方的赋税、人口和事务的繁杂情况，确定州县的官员和吏员的数量，增加州县的吏员编制，尽可能的减少书算的数量，因为现在朝廷对于吏员毕竟也实行考选，吏员的素质相对提高，严格限制地方随意招募书算手，地方招募书算，必须要报请布政使司上呈吏部同意之后才行，对于书算手也要登记造册，控制地方衙门的规模。

除了州县亲民官之外，地方府道、布按二司也是一个重点清查整顿的对象。朱载坖与阁部重臣们也要详细商量此事。