还有就是驿传道，负责整顿辖区内部的驿站，保障朝廷的文书转递，除此之外，重要的就是总督、巡抚衙署的官吏配置，之前这两个职务都是钦差性质，总督、巡抚衙门都没有一定之规，完全是随心所欲的设置，巡抚衙门未设佐贰官，日常事务由六房书吏及幕友处理，正式编制仅巡抚一人。

之前很多督抚也强调：“官府衙门不能不用吏役，外官衙门不能不兼用幕宾，得其人可收指臂之助，非其人遂成切身之害。”

但是当过多年督抚的右都御史杨继盛直接指出这种情况的弊端，他说道：“陛下，吏役之设，各衙门不能不用，但官用之以任使，百姓畏之如虎狼，且此等人数既多，平日更可倚仗官势朋比为奸，无弊不滋，无恶不作。”

这些部院重臣们大多都有督抚经历，对于总督、巡抚衙门的设置还是有一些经验的，虽然总督、巡抚衙门的架构大多和督抚们的习惯有关，但是还是有一定之规可循的，首先就是人员，督抚衙门中主要有三种人，其一是督抚延聘的幕客，有的充当参谋顾问，有的分管各项具体工作，是衙门中高级办事人员；其二是胥吏，胥吏是衙门中负责办理某项事务或办理文书的书吏；其三是衙役，这是衙门中低级的专司拘提奔走的人员。

其次就是内设部门的设置，这点上各督抚衙门都是大同小异的，督抚衙门的办事机构一般设有吏、户、礼、兵、刑、工六房，分房办事。这样，上可与朝廷的六部相对，下可通过布政使、按察使等机构统辖指挥各府、州、县的各项事务。

吏房负责统辖所属官吏的考课及候选官员等事项；户房统管每年赋税、丁差、杂课等项；礼房经管春秋二季祭祀、考试、学校、庆贺等项事务；兵房经管门房、民壮、驿递、夫马等事；刑房统管人命、盗逃、词讼、保甲等重大司法工作；工房管修造和置办各种军需等。各房均雇佣胥吏若干名，负责办理日常各项事务。

还有督抚的中军副将一员，负责统帅抚标营和督标营，文武巡捕各一人。文巡捕负责充当高级文职官员谒见总督的礼宾员；武巡捕负责充当高级武官谒见总督的礼宾员，并负责维护衙署内部之正常秩序。设监印委员一人，专管典守钤盖总督关防。设收呈委员一人，负责收受所属文武官员及民人百姓的呈词。

这些基本上就是督抚衙门的架构了，朱载坖认为，要予以正规化，就是用朝廷的官吏来替代这些所谓的幕宾、胥吏、书办等，使得督抚衙门成为一个正常的大明衙门。