首先要进行规划的就是巡抚衙门的设置，作为一省的最高长官，巡抚衙门当然是最重要的机构了，巡抚衙门要总览一省的大小庶务，同时还承担着监察通省官员的重任，所以对于巡抚衙门的重要性，朱载坖是很清楚了，之前直接按照朝廷六部设立六房的办法确实是有一些合理性，但是这样并不能够体现巡抚的重要性。

要想规划巡抚衙门的下属衙门和属官，就要先理清朝廷各部院和巡抚的关系，因为在实际的政务处理过程中，巡抚和部院发生冲突龃龉的事情是很多的，首辅张居正就说道：“陛下，夫各部用其权，以裁制督抚，若不量地方之情势，则善政几不得举行； 督抚张其权，而轻视各部，又破坏一部之机关，而政令几同于虚设；彼此之姐龋尚小，而事机之贻误实多。”

这点确实是朱载坖要考虑的事情，张居正认为：“诚宜明定职权，划分限制，以某项属之各部，虽疆吏亦必奉行； 以某项属之督抚，虽部臣不能掺越； 如此则部臣疆吏于其权限内应行之事，无所用其推诱，于其权限外侵秩之事，无所施其阻挠，庶政策不致分歧，而精神自能统一矣。”

张居正的这个观点，确实是能够解决部分问题，使得部院和巡抚的矛盾减少，但是部院和巡抚还有一个重要的矛盾，就是对于地方监司的管理问题，部院一般是不会干预地方府州县行政的，但是部院常常绕过巡抚直接给地方监司下达命令，这确实是激化巡抚和部院矛盾的一件事情。

因为在部院看来，巡抚并不是朝廷经制之官，而是钦差，真正朝廷的经制之官，是布按两司，部院往往直接绕过巡抚下令，被巡抚认为是干扰地方行政。虽然现在虽然督抚权力扩张，布、按二司即已被确定为督抚属吏，但布政司在财政事务上须直接对户部负责，不必通过督抚。按察使司也必须对刑部负责，所以很多时候部院和巡抚也存在很大的矛盾。

一些强势的巡抚们就认为：“国家设官，内外各有责成，各部司员，受成于堂官，而不得径行之于疆吏。各省僚佐，察承于班吏，而不能径达于部曹，此内外之权限也。如部臣以疆吏为不足问，而与司道直接，则疆吏为虚设。”

他们认为部院越过巡抚直接干涉布按二司，使得巡抚、总督这样的封疆大吏无法有效行使职权，但是部院又认为布按二司在具体政务上是要对部院负责的，所以部院直接给布按二司下达命令也是合情合理的，双方为此争执不休。

这个问题现在也摆到了朱载坖的面前，朱载坖必须首先解决这个问题，才能够推动后面的改革。