朱载坖询问阁部重臣们，应当怎么处理青海问题，朱载坖的想法很简单，一是要控制青海，打通去往西藏和西域的道路，安定陕西、甘肃、宁夏三地的后方，为日后大明经略西藏和西域提供条件。

第二就是要在青海牧养战马，解决大明的战马短缺问题。

对于这个问题，重臣们已经有了一些办法，之前大明通过设置塞外四卫、西宁兵备道、朵思麻宣慰司等机构，并将当地有势力的蒙藏世族册封为官员，试图以此稳固根基。现在官军已经将海虏逐出青海，张居正等人认为应当将原有的世袭制彻底废除，不再向青海地区的蒙藏贵族世家进行册封。取而代之的，是派遣由中央直属的大员将领前往驻防，并按照常规将地方行政和武装纳入总督、总兵的领导之下。与此同时，原先的封地和土司也被悉数裁撤，改由中央编制州府，直接统辖青海各地。

也就是说，要对青海实行改土归流，同时要重新划分青海的行政区划，张居正认为：“沿边番回必属内地，方是平定西海永远之良策。”

对于张居正的这个建议，朱载坖也深以为然，青海地域过于广大，仅设立一省的话，显然是不足以有效控制青海的，必须要将将青海分割控制，朱载坖认为必须在行政区划上隔绝藏蒙，防止其串通，不徒开辟疆土，且消蒙古、藏番蠢动之心。为下一步经略西藏打好基础。

青海的情况是西海地面宽广，便于刍牧；喀木居民稠密，饶于糗粮，也就是从地理上来说，沿青海湖一带是草场，便于游牧，可以为朝廷提供战马，而青海南部靠近四川的地方则可以种植粮食，对于这些不同的地方，要予以不同的措施予以管理，将青海的部分领土予以划分，

还有一个重要的问题就是宗教问题，这里是格鲁派的传播的中心，百姓多信奉格鲁派，宗教势力很强大，朝廷既要利用宗教稳定青海的局势，也要对其加以防范，严防宗教势力过分做大，影响到朝廷对于地方的控制。

在青海，格鲁派喇嘛教为蒙藏民族所信奉，尊崇该教派不仅是底层百姓，还有大量的部落首领。青海为格鲁派创始人宗喀巴的故乡，西宁附近寺院林立，僧人众多，据李成梁之前的奏报：“各寺喇嘛多者二三千名，少者五六百名”。塔尔寺、郭隆寺、祁家寺、郭莽寺等寺院中潜藏盔甲，制备军械，私设武装。“更有各处奸徒，干犯法纪，遂逃入喇嘛寺中，地方不能追，官吏不能诘，而喇嘛寺院渐成藏奸匿宄之薮。

这是绝对不能够容忍的，对于这些寺院要予以限制，不能让他们成为朝廷控制的地方的障碍。

还有就是要修筑边墙，禁止蒙古进入河西通道。青海与河西虽以祁连山相隔，但其间隘口众多 ，在在相通。朝廷要在这些地方分拨军士，修筑边墙堡垒，以隔绝青海和蒙古。同时要用茶马贸易以牵制这些头目，不仅仅是蒙古人，这些藏民对于茶叶的需求也是很大的，朝廷要利用好茶叶这个工具。